It's almost gone though / ほとんどなくなったけど

It’s almost gone though は、「ほとんどなくなったけど」という意味です。

例:

A: I’m drinking a bottle of wine today by myself.
(今日は1人でボトルワインのんでるよ)
B: Really!? Sounds good! Please give me some too.
(え!いいな!私にもください)
A: It’s almost gone though…
(ほとんどなくなったけど。。。)